O JEC foi o primeiro clube catarinense a construir seu próprio Centro de Treinamento, inaugurado em 1995. Localizado no bairro Morro do Meio, zona oeste da cidade, o terreno onde está instalado o CT foi uma doação do ex-presidente do JEC, Vilson Florêncio.

Além de receber os atletas de base e profissionais para suas atividades diárias de treinamento, o local também recebe jogos oficias da base e da equipe feminina nos campeonatos que disputam. Sua estrutura recebe ainda a coordenação de futebol e parte da estrutura administrativa do clube.

Inicialmente, o espaço possuía dois campos, pequenos alojamentos e uma arquibancada central. Com o passar dos anos, o gramado foi se desgastando e o time profissional passou a dirigir os trabalhos diários em outros campos da cidade. 

No fim de 2010, o segundo campo entrou em processo de reformulação, com sofisticado sistema de drenagem e um tipo de grama mais adequado para a prática do futebol. Assim, o Tricolor concentrou seus treinos exclusivamente no CT, melhorando assim a rotina de trabalho dos atletas do JEC.

Em 2011, o local recebeu uma ampliação com um novo prédio contendo academia, sala de fisioterapia, departamento médico, refeitório com 60 lugares, cozinha, salas para diretores, 26 suítes, auditório, sala de TV e sala de jogos. Com o novo ambiente, o clube reestruturou suas categorias de base, criando um projeto consistente de formação de atletas. A equipe principal também passou a aproveitar o espaço para concentrações em dias de treinos em período integral e vésperas de partidas.