O Joinville Esporte Clube conta com três categorias de base: Infantil, Juvenil e Júnior. As divisões possuem cerca de 120 jovens, de 14 a 20 anos, que treinam diariamente nas instalações do Centro de Treinamento do Morro do Meio e em outros campos da região. Todos os anos as equipes disputam os campeonatos estaduais e Regionais  das respectivas categorias.

Para estes adolescentes e jovens adultos, o JEC oferece material esportivo, treinamento especializado, alimentação balanceada, assistência médica e odontológica, assistência psicológica, transporte e supervisão de desempenho escolar.

Cerca de 20 funcionários altamente qualificados e motivados trabalham nas divisões de base do JEC, que exercem atividade de grande relevância social, contribuindo com a formação integral dos jovens talentos.

Essa ampla gama de profissionais, das mais diversas especialidades e formações, movimenta uma complexa engrenagem, cuja finalidade principal é formar otimos atletas e principalmente bons cidadãos.

Escolinhas

A escolinha do JEC atende mais de 220 crianças, com idades de 7 a 14 anos, em três núcleos na cidade, localizados nos bairros Profipo, Anita Garibaldi e Vila Nova. Filhos de sócios do JEC são isentos de taxas de matrícula e mensalidades.

As matrículas são feitas sempre no início do ano por meio do departamento de futebol amador do clube. Para ingressar a escolinha, a criança deve estar munida dos documentos pessoais e exame médico de aptidão física, juntamente com o uniforme tricolor, que pode ser encontrado na loja Toca do Coelho. Os treinos são realizados duas vezes por semana no local e horário escolhido.

A medida que crianças desistem, novas vagas são abertas para as escolinhas. Para obter informações sobre disponibilidade de inscrições, ligue: (47) 3455-0055 (Supervisor Mário)

Escolinha em Campo Alegre

O JEC firmou parceria com a escolinha de futebol da APE (Associação de Pais de Esportistas) de Campo Alegre, que conta com dezenas de alunos de 8 a 17 anos.  É a primeira parceria do clube fora de Joinville.  O contrato prevê a realização de intercâmbio esportivo, através de amistosos entre as equipes de base de Joinville e Campo Alegre. Os alunos que se destacarem nos treinos da APE serão encaminhados para testes nas equipes de base do JEC e, em caso de negociação, sem atravessadores, dos atletas revelados pela APE, 20% do valor negociado fica com a associação campo-alegrense.

A APE responsabiliza-se pela aquisição dos uniformes personalizados, com licença gratuita do JEC para uso de sua marca. Também fica por conta da APE o pagamento do treinador, transporte e alimentação dos atletas. A prefeitura municipal auxilia com a estrutura adequada para os treinos.